Hodnotenie:
Kniha o bioinformatike v jazyku Python je oceňovaná pre svoje komplexné pokrytie a praktický návod pre začiatočníkov aj skúsených používateľov. Má však značné problémy vrátane problematických príkladov kódu a zlej kvality tlače, ktoré znižujú jej hodnotu ako referencie.
Výhody:⬤ Komplexné pokrytie tém bioinformatiky a úvahy o riadení projektov.
⬤ Vynikajúce praktické cvičenia pre reálne bioinformatické úlohy.
⬤ Dobré pre začiatočníkov aj skúsených používateľov, s aktuálnymi nástrojmi a témami.
⬤ Poskytuje užitočné zdroje a návody na rozvoj zručností v jazyku Python v bioinformatike.
⬤ Mnohé príklady kódu nefungujú alebo sú zastarané, čo vedie k frustrácii.
⬤ Slabá kvalita tlače s chybne vytlačenými stranami a čiernobielymi ilustráciami.
⬤ Niektorí používatelia považovali vysvetlenia za nejasné a nepomáhajúce v porovnaní s inými zdrojmi.
(na základe 10 čitateľských recenzií)
Bioinformatics with Python Cookbook - Third Edition: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems
Objavte moderné knižnice sekvenovania novej generácie z výkonného ekosystému Python na vykonávanie špičkového výskumu a analýzu veľkého množstva biologických údajov
Kľúčové vlastnosti:
⬤ Vykonávajte komplexné bioinformatické analýzy pomocou najdôležitejších knižníc a aplikácií jazyka Python.
⬤ Vykonajte sekvenovanie novej generácie, metagenomiku, automatizáciu analýz, populačnú genetiku a mnoho ďalšieho.
⬤ Preskúmajte rôzne štatistické techniky a techniky strojového učenia na analýzu bioinformatických údajov.
Popis knihy:
Bioinformatika je aktívna oblasť výskumu, ktorá využíva celý rad jednoduchých až pokročilých výpočtov na získanie cenných informácií z biologických údajov, a táto kniha vám ukáže, ako tieto úlohy zvládnuť pomocou jazyka Python.
Toto aktualizované tretie vydanie kuchárskej knihy Bioinformatika s Pythonom začína stručným prehľadom rôznych nástrojov a knižníc v ekosystéme Pythonu, ktoré vám pomôžu konvertovať, analyzovať a vizualizovať súbory biologických údajov. Ďalej sa budete zaoberať kľúčovými technikami sekvenovania novej generácie, jednobunkovej analýzy, genomiky, metagenomiky, populačnej genetiky, fylogenetiky a proteomiky s pomocou príkladov z reálneho sveta. Naučíte sa pracovať s dôležitými pipeline systémami, ako sú servery Galaxy a Snakemake, a pochopíte rôzne moduly v jazyku Python na funkčné a asynchrónne programovanie. Táto kniha vám tiež pomôže preskúmať témy, ako je objavovanie SNP pomocou štatistických prístupov v rámci vysoko výkonných výpočtových rámcov vrátane Dask a Spark. Okrem toho preskúmate použitie algoritmov strojového učenia v bioinformatike.
Na konci tejto knihy o bioinformatike v jazyku Python budete vybavení znalosťami potrebnými na implementáciu najnovších programovacích techník a rámcov, ktoré vám umožnia pracovať s bioinformatickými údajmi v každom rozsahu.
Čo sa naučíte:
⬤ Získajte dobré znalosti o knižniciach na spracovanie údajov, ako sú NumPy, pandas, arrow a zarr, v kontexte bioinformatickej analýzy.
⬤ Spolupracovať s genomickými databázami.
⬤ riešiť reálne problémy v oblasti populačnej genetiky, fylogenetiky a proteomiky.
⬤ Vytvárať bioinformatické pipelines pomocou servera Galaxy a Snakemake.
⬤ Pracovať s functools a itertools na funkcionálne programovanie.
⬤ Vykonávať paralelné spracovanie biologických údajov pomocou Dask.
⬤ Preskúmať techniky analýzy hlavných komponentov (PCA) pomocou scikit-learn.
Pre koho je táto kniha určená:
Táto kniha je určená bioinformatickým analytikom, dátovým vedcom, výpočtovým biológom, výskumníkom a vývojárom v jazyku Python, ktorí chcú riešiť stredne pokročilé až pokročilé biologické a bioinformatické problémy. Očakáva sa pracovná znalosť programovacieho jazyka Python. Užitočné budú aj základné znalosti biológie.
