Hodnotenie:
Kniha poskytuje prehľadné návody krok za krokom na bioinformatické projekty s použitím jazyka Python, ktoré sú určené čitateľom s určitými predchádzajúcimi znalosťami. Nie je však vhodná pre začiatočníkov kvôli predpokladaným znalostiam a neaktuálnym otázkam kódu.
Výhody:Prehľadné a podrobné návody na pokročilé bioinformatické projekty. Vhodná pre čitateľov so základnými znalosťami bioinformatiky a jazyka Python. Pokrýva najmodernejšie aplikácie v jazyku Biopython.
Nevýhody:Predpokladá predchádzajúce znalosti v Pythone a bioinformatike, takže nie je vhodná pre začiatočníkov. Kód je zastaraný a niektoré použité knižnice už nie sú dostupné. Problémy so stavom knihy pri dodaní.
(na základe 4 čitateľských recenzií)
Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese
Objavte moderné knižnice sekvenovania novej generácie z ekosystému Python na analýzu veľkého množstva biologických údajov
Kľúčové vlastnosti
⬤ Vykonajte komplexnú bioinformatickú analýzu pomocou najdôležitejších knižníc a aplikácií Pythonu.
⬤ Zavádzajte sekvenovanie novej generácie, metagenomiku, automatizáciu analýz, populačnú genetiku a ďalšie.
⬤ Preskúmajte rôzne štatistické techniky a techniky strojového učenia na analýzu bioinformatických údajov.
Popis knihy
Bioinformatika je aktívna oblasť výskumu, ktorá využíva celý rad jednoduchých až pokročilých výpočtov na získanie cenných informácií z biologických údajov.
Táto kniha zahŕňa sekvenovanie novej generácie, genomiku, metagenomiku, populačnú genetiku, fylogenetiku a proteomiku. Naučíte sa moderné programovacie techniky na analýzu veľkého množstva biologických údajov. Pomocou reálnych príkladov budete konvertovať, analyzovať a vizualizovať súbory údajov pomocou rôznych nástrojov a knižníc jazyka Python.
Táto kniha vám pomôže lepšie pochopiť prácu so serverom Galaxy, ktorý je najpoužívanejším bioinformatickým webovým pipeline systémom. Toto aktualizované vydanie obsahuje aj pokročilé techniky filtrovania sekvenovania novej generácie. Preskúmate aj témy, ako je objavovanie SNP pomocou štatistických prístupov v rámci vysoko výkonných výpočtových rámcov, ako sú Dask a Spark.
Na konci tejto knihy budete schopní používať a implementovať moderné programovacie techniky a rámce na zvládnutie stále rastúcej záplavy bioinformatických údajov.
Čo sa naučíte
⬤ Zistíte, ako spracovať veľké súbory údajov sekvenovania novej generácie (NGS).
⬤ Pracovať so súbormi genomických údajov pomocou formátov FASTQ, BAM a VCF.
⬤ Učiť sa vykonávať porovnávanie sekvencií a fylogenetickú rekonštrukciu.
⬤ Vykonávať komplexné analýzy s protemickými údajmi.
⬤ Používať Python na interakciu so servermi Galaxy.
⬤ Využívať techniky vysokovýkonného počítania pomocou Dask a Spark.
⬤ Vizualizovať interakcie proteínových súborov údajov pomocou programu Cytoscape.
⬤ Používať PCA a rozhodovacie stromy, dve techniky strojového učenia, so súbormi biologických údajov.