R Bioinformatics Cookbook - druhé vydanie: Využívajte balíky R na bioinformatiku, genomiku, dátovú vedu a strojové učenie

Recenzie čitateľov

Bioinformatická kuchárka R je praktickým a komplexným zdrojom informácií, ktorý ponúka čitateľom praktický návod prostredníctvom viac ako 80 receptov na analýzu biologických údajov pomocou R. Kniha pokrýva širokú škálu tém, od nastavenia prostredia R až po pokročilé techniky strojového učenia. Hoci je dobre prispôsobená pre stredne pokročilých až pokročilých používateľov, pre začiatočníkov môže byť náročná kvôli predpokladaným predchádzajúcim znalostiam.

⬤ Praktické recepty na riešenie reálnych bioinformatických úloh.
⬤ Pokrýva rôznorodé témy vrátane RNA-seq, ChIP-seq analýzy a strojového učenia s mlr
⬤ Obsahuje užitočné nástroje a rámce, ako sú Bioconductor a ggplot2 na vizualizáciu údajov.
⬤ Poskytuje rovnováhu medzi základnými koncepciami a najmodernejšími technikami.
⬤ Jasná štruktúra podporuje pochopenie a rozšíriteľnosť kódu R.

⬤ Predpokladá určité predchádzajúce znalosti jazyka R, čo môže byť pre úplných začiatočníkov náročné.
⬤ Niektorí čitatelia navrhujú, že ďalšie témy, ako napríklad cloud computing, hlboké učenie a jednobunková analýza, by mohli knihu ešte viac obohatiť.
⬤ Husté informácie môžu zahltiť tých, ktorí nemajú dostatočné zázemie v tejto oblasti.

(na základe 3 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning

Obsah knihy:

Objavte viac ako 80 receptov na modelovanie a spracovanie reálnych biologických údajov pomocou moderných knižníc z ekosystému R

Kľúčové vlastnosti:

⬤ Aplikujte moderné balíky R na spracovanie biologických údajov na príkladoch z reálneho sveta.

⬤ Prezentujte biologické údaje pomocou pokročilých vizualizácií a pracovných postupov vhodných pre výskum a publikácie.

⬤ Riešte reálne bioinformatické problémy, ako je transkriptomika, genomika a fylogenetika.

⬤ Zakúpenie tlačenej knihy alebo knihy pre Kindle zahŕňa bezplatnú elektronickú knihu vo formáte PDF.

Popis knihy:

Aktualizované druhé vydanie knihy R Bioinformatics Cookbook využíva prístup založený na receptoch, aby vám ukázalo, ako vykonávať praktický výskum a analýzu v oblasti počítačovej biológie pomocou R. Naučíte sa, ako vytvoriť užitočné a modulárne pracovné prostredie R spolu s načítaním, čistením a analýzou údajov pomocou najmodernejších nástrojov Bioconductor, ggplot2 a tidyverse.

Táto kniha vás prevedie nástrojmi Bioconductor, ktoré sú potrebné na pochopenie a vykonávanie protokolov v oblasti RNA-seq a ChIP-seq, fylogenetiky, genomiky, vyhľadávania génov, anotácie génov, štatistickej analýzy a analýzy sekvencií. Ako budete napredovať, zistíte, ako používať Quarto na vytváranie správ, prezentácií a webových stránok bohatých na údaje, ako aj získate jasnú predstavu o tom, ako sa dajú techniky strojového učenia aplikovať v oblasti bioinformatiky. Záverečné kapitoly vám pomôžu rozvíjať zručnosti v kľúčových zručnostiach, ako je analýza anotácií génov a funkčné programovanie v Purrr a základnom R. Nakoniec zistíte, ako používať najnovšie nástroje umelej inteligencie vrátane ChatGPT na generovanie, úpravu a pochopenie kódu R a návrh pracovných postupov pre komplexné analýzy.

Na konci tejto knihy získate dôkladnú znalosť zručností a techník potrebných na to, aby ste sa stali špecialistom na bioinformatiku a efektívne pracovali s veľkými a zložitými súbormi bioinformatických údajov.

Čo sa naučíte:

⬤ Nastaviť pracovné prostredie na bioinformatickú analýzu pomocou programu R.

⬤ Importovať, čistiť a organizovať bioinformatické údaje pomocou programu tidyr.

⬤ Vytvárať grafy, správy a prezentácie v publikačnej kvalite pomocou ggplot2 a Quarto.

⬤ Analyzujte RNA-seq, ChIP-seq, genomiku a genetiku novej generácie pomocou programu Bioconductor.

⬤ Vyhľadávajte gény a proteíny pomocou fylogenetiky a anotácie génov.

⬤ Aplikovať ML techniky na bioinformatické údaje pomocou mlr3.

⬤ Zjednodušiť programovú prácu pomocou iterátorov a funkčných nástrojov v základných balíkoch R a purrr.

⬤ Používať ChatGPT na vytváranie, anotovanie a ladenie kódu a pracovných postupov.

Pre koho je táto kniha určená:

Táto kniha je určená bioinformatikom, dátovým analytikom, výskumníkom a vývojárom v R, ktorí chcú riešiť stredne pokročilé až pokročilé biologické a bioinformatické problémy učením prostredníctvom prístupu založeného na receptoch. Predpokladom je pracovná znalosť programovacieho jazyka R a základné znalosti bioinformatiky.