Kuchárka bioinformatiky R

Recenzie čitateľov

Kniha získala zmiešané recenzie, pričom sa na ňu zniesla značná kritika, pokiaľ ide o jej praktickosť a funkčnosť. Niektorí používatelia ju považujú za informatívnu, zatiaľ čo iní ju považujú za zle spracovanú, najmä pre začiatočníkov.

Niektorí recenzenti považujú knihu za informatívnu a užitočnú na pochopenie určitých pojmov.

Mnohí používatelia považovali knihu za nedostatočnú z hľadiska praktického využitia a poznamenali, že kód, ktorý je v nej uvedený, často nefunguje. Spomínali sa zastarané knižnice R, chyby v kóde a všeobecné ťažkosti pri používaní knihy na praktickú bioinformatiku.

(na základe 3 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

R Bioinformatics Cookbook

Obsah knihy:

Viac ako 60 receptov na modelovanie a spracovanie reálnych biologických údajov pomocou moderných knižníc z ekosystému R

Kľúčové vlastnosti:

⬤ Aplikujte moderné balíky R na spracovanie biologických údajov na príkladoch z reálneho sveta.

⬤ Prezentujte biologické údaje pomocou pokročilých vizualizácií vhodných pre výskum a publikácie.

⬤ Spracovať reálne problémy v bioinformatike, ako je sekvenovanie novej generácie, metagenomika a automatizácia analýz.

Popis knihy:

Efektívne narábanie s biologickými údajmi si vyžaduje hlboké znalosti techník strojového učenia a výpočtové zručnosti spolu s pochopením používania nástrojov, ako sú edgeR a DESeq. S kuchárskou knihou R Bioinformatics Cookbook toto všetko a ešte viac preskúmate a budete riešiť bežné aj nie až tak bežné výzvy v oblasti bioinformatiky na príkladoch z reálneho sveta.

V tejto knihe sa pomocou prístupu založeného na receptoch dozviete, ako vykonávať praktický výskum a analýzu v oblasti výpočtovej biológie pomocou jazyka R. Naučíte sa, ako efektívne analyzovať svoje údaje pomocou najnovších nástrojov Bioconductor, ggplot a tidyverse. Kniha vás prevedie základnými nástrojmi v Bioconductori, ktoré vám pomôžu pochopiť a vykonávať protokoly v oblasti RNAseq, fylogenetiky, genomiky a sekvenčnej analýzy. Postupne sa oboznámite s tým, ako sa dajú techniky strojového učenia využiť v oblasti bioinformatiky. Postupne si osvojíte kľúčové výpočtové zručnosti, ako napríklad vytváranie opakovane použiteľných pracovných postupov v jazyku R Markdown a balíkov na opakované použitie kódu.

Na konci tejto knihy získate dôkladné znalosti najdôležitejších a najpoužívanejších techník v bioinformatickej analýze a nástrojov, ktoré potrebujete na prácu s reálnymi biologickými údajmi.

Čo sa naučíte:

⬤ Použiť Bioconductor na určenie diferenciálnych expresií v údajoch RNAseq.

⬤ Spustiť SAMtools a vytvoriť pipelines na vyhľadávanie jednonukleotidových polymorfizmov (SNP) a indelov.

⬤ Používať ggplot na vytváranie a anotovanie rôznych vizualizácií.

⬤ Vyhľadávať externé databázy pomocou Ensembl na vyhľadávanie funkčných genomických informácií.

⬤ Vykonajte rozsiahle viacnásobné zarovnanie sekvencií pomocou programu DECIPHER na vykonávanie porovnávacej genomiky.

⬤ Používajte d3. js a Plotly na vytváranie dynamickej a interaktívnej webovej grafiky.

⬤ Používajte k-najbližších susedov, podporné vektorové stroje a náhodné lesy na vyhľadávanie skupín a klasifikáciu údajov.

Pre koho je táto kniha určená:

Táto kniha je určená bioinformatikom, dátovým analytikom, výskumníkom a vývojárom v jazyku R, ktorí chcú riešiť stredne pokročilé až pokročilé biologické a bioinformatické problémy učením sa pomocou prístupu založeného na receptoch. Predpokladom je pracovná znalosť programovacieho jazyka R a základné znalosti bioinformatiky.