Začiatky Perlu pre bioinformatiku

Recenzie čitateľov

Kniha „Beginning Perl for Bioinformatics“ je zdrojom informácií zameraným na výučbu programovania v jazyku Perl špeciálne pre pracovníkov v biologických vedách, najmä v bioinformatike. Je prispôsobená pre začiatočníkov bez predchádzajúcich skúseností s programovaním a získala pozitívne ohlasy pre svoje jasné vysvetlenia, praktické príklady a schopnosť demystifikovať koncepty programovania. Vo viacerých recenziách sa však uvádza, že kniha nemusí byť dostatočne komplexná a môže byť zastaraná, čo môže viesť k potenciálnym problémom pri ladení skriptov.

⬤ Dobre organizované a zrozumiteľné pre začiatočníkov.
⬤ Poskytuje jemný úvod do Perlu s praktickými aplikáciami v bioinformatike.
⬤ Obsahuje jasné príklady a cvičenia, ktoré sú relevantné pre biologické problémy.
⬤ Efektívne učí základné koncepty programovania a regulárne výrazy.
⬤ Vysoko odporúčané ako východiskový bod pre biológov, ktorí sa chcú naučiť programovať.

⬤ Niektorí používatelia považovali knihu za príliš základnú a nedostatočne hlbokú pre pokročilejších študentov.
⬤ Mnohí recenzenti poznamenali, že je zastaraná, čo môže viesť k problémom s ladením skriptov.
⬤ Niektoré príklady a vysvetlenia by mohli byť lepšie, najmä pri zložitých témach.
⬤ Nie je vhodná pre tých, ktorí už majú znalosti Perlu.

(na základe 47 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

Beginning Perl for Bioinformatics

Obsah knihy:

Perl sa vďaka svojej vysoko rozvinutej schopnosti zisťovať vzory v údajoch stal jedným z najobľúbenejších jazykov na analýzu biologických údajov. Ak ste však biológ s malými alebo žiadnymi skúsenosťami s programovaním, začať pracovať v jazyku Perl môže byť náročné. Mnohí biológovia majú problém naučiť sa používať tento jazyk v bioinformatike. Najpopulárnejšie knihy o programovaní v jazyku Perl sú často príliš teoretické a príliš zamerané na informatiku pre neprogramujúceho biológa, ktorý potrebuje riešiť veľmi špecifické problémy. Kniha Začiatky Perlu pre bioinformatiku je navrhnutá tak, aby ste rýchlo prekonali bariéru jazyka Perl tým, že k programovaniu pristupuje ako k novej dôležitej laboratórnej zručnosti a odhaľuje programy a techniky v jazyku Perl, ktoré sú okamžite užitočné v laboratóriu. Každá kapitola sa zameriava na riešenie konkrétneho bioinformatického problému alebo triedy problémov, pričom sa začína tými najjednoduchšími a s postupom knihy sa zvyšuje ich zložitosť. Každá kapitola obsahuje programátorské cvičenia a učí bioinformatiku prostredníctvom ukážok a úprav programov, ktoré riešia rôzne druhy praktických biologických problémov. Na konci knihy budete mať solídne znalosti základov Perlu, zbierku programov na také úlohy, ako je parsovanie BLAST a GenBank, a zručnosti, ktoré vám umožnia pustiť sa do pokročilejšieho programovania bioinformatiky. Niektoré z neskorších kapitol sa podrobnejšie zameriavajú na konkrétne bioinformatické témy.

Táto kniha je vhodná na použitie ako učebnica v triede, na samoštúdium a ako referencia. Kniha obsahuje: základy programovania a prácu so sekvenciami a reťazcami DNA.

Ladenie kódu.

Simulácia génových mutácií pomocou generátorov náhodných čísel.

Regulárne výrazy a vyhľadávanie motívov v údajoch.

Polia, hashe a relačné databázy.

Regulárne výrazy a reštrikčné mapy.

Používanie Perlu na analyzovanie záznamov PDB, anotácií v GenBank a výstupov BLAST.