Kvalita vody musí byť dobrá pre potreby vodných ekosystémov, a ak je voda znečistená a nepoužiteľná, vznikajú environmentálne a zdravotné riziká. Znečistenie vody v Čade je však spôsobené ľudskou činnosťou (splachy z domácností, priemyslu a poľnohospodárstva) a tiež prírodnými príčinami (geologické zloženie pôdy, zvierací trus).
Toto znečistenie spôsobuje vážne problémy pre ekosystém z krátkodobého aj dlhodobého hľadiska. Dlhodobé riziká a príznaky závisia od dávky a trvania expozície. Choroby, ktoré vznikajú, majú často chemický pôvod: otrava olovom, arzénom, ortuťou, chrómom, dusičnanmi, rakovina spôsobená uhľovodíkmi...
vo vode. Hlavné krátkodobé zdravotné riziká súvisiace s vodou v Čade majú vo všeobecnosti infekčný charakter.
Sú spôsobené prítomnosťou mikroorganizmov. Účinky sú vo všeobecnosti mierne (tráviace poruchy, mykózy), ale môžu byť aj vážnejšie (hepatitída, leptospiróza, týfus, cholera, legionelóza... ).
Príčinou týchto problémov sú rôzne formy znečistenia, priemyselné znečistenie, poľnohospodárske znečistenie, odpad, fekálie, biomedicínsky odpad, ľudské aktivity, ale nie neúčinnosť verejných politík na ich kutie.