Vysoko výkonné sekvenovanie novej generácie: Metódy a aplikácie

Pôvodný názov:

High-Throughput Next Generation Sequencing: Methods and Applications

Obsah knihy:

Časť I: Sekvenovanie genómu

1. Sekvenovanie bakteriálnych genómov pomocou jednej molekuly Helicos

Kathleen E. Steinmann, Christopher E. Hart, John F. Thompson a Patrice M. Milos.

2.Sekvenovanie celého genómu nekultivovateľnej baktérie pomocou amplifikácie celého genómu

Yuichi Hongoh a Atsushi Toyoda

Časť II: Analýza expresie génov

3. Sekvenovanie a kvantifikácia RNA pomocou systému genetickej analýzy Helicos

Tal Raz, Marie Causey, Daniel R. Jones, Alix Kieu, Stan Letovsky, Doron Lipson, Edward Thayer, John F. Thompson a Patrice M. Milos.

4. Profilovanie transkriptómu pomocou priamej sekvenácie RNA s jednou molekulou

Fatih Ozsolak a Patrice M. Milos.

5.Objavovanie bakteriálnych sRNA pomocou vysokoúčinného sekvenovania

Jane M. Liu a Andrew Camilli.

6.Identifikácia vírusových kódov mikroRNA pomocou sekvenovacej platformy 454 FLX.

Byung-Whi Kong

7.Deplécia ribozomálnej RNA pre masívne paralelné aplikácie sekvenovania bakteriálnej RNA

Zhoutao Chen a Xiaoping Duan.

Časť III: Mikrobiálna diverzita

8. Integrácia vysoko výkonného pyrosekvenovania a kvantitatívnej PCR v reálnom čase na analýzu komplexných mikrobiálnych spoločenstiev

Husen Zhang, Prathap Parameswaran, Jonathan Badalamenti, Bruce E. Rittmann a Rosa Krajmalnik-Brown.

9. Pyrosekvenovanie FLX ampliónov s kódovaním tagov na objasnenie mikrobiálnej a funkčnej génovej diverzity v akomkoľvek prostredí

Yan Sun, Randall D. Wolcott a Scot E. Dowd.

10. Pyrosekvenovanie amplikonov chaperonínu-60 ( cpn60 ) ako prostriedok na určenie zloženia mikrobiálneho spoločenstva

John Schellenberg, Matthew G. Links, Janet E. Hill, Sean M. Hemmingsen, Geoffrey A. Peters a Tim J. Dumonceaux.

11. Predbežný skríning mikrobiálnych populácií na posúdenie potenciálu sekvenovania

Irene B. Hanning a Steven C. Ricke.

Časť IV: Metagenomika

12. Metagenomika

Jack A Gilbert, Bonnie Laverock, Ben Temperton, Simon Thomas, Martin Muhling a Margaret Hughes.

13. Metagenomická analýza črevných mikrobiómov u kurčiat

Taejoong Kim a Egbert Mundt.

14.Profilovanie génovej expresie: metatranskriptomika

Jack A. Gilbert a Margaret Hughes.

15. Časť V: Sekvenčné profilovanie pre funkčnú analýzu

15.Vysoko výkonné sledovanie inzercie pomocou hĺbkového sekvenovania na analýzu bakteriálnych patogénov

Sandy M. S. Wong, Jeffrey D. Gawronski, David Lapointe a Brian J. Akerley.

16.Stanovenie profilov metylácie DNA pomocou sekvenovania

Suhua Feng, Liudmilla Rubbi, Steven E. Jacobsen a Matteo Pellegrini.

Časť VI: Príprava sekvenčnej knižnice

17. Príprava knižníc na sekvenovanie novej generácie pomocou technológie Nextera(TM): Súčasná fragmentácia DNA a značenie adaptérov transpozíciou in vitro

Nicholas Caruccio.

18. Príprava knižníc bez amplifikácie pre párové sekvenovanie Illumina

Iwanka Kozarewa a Daniel J. Turner.

19.Obohatenie cieľa pomocou amplifikácie univerzálnych cieľov viazaných na vlásenky pre sekvenčnú analýzu novej generácie

Pallavi Singh, Rajesh Nayak a Young Min Kwon.