Štatistika a analýza údajov pre mikročipy s využitím programov R a Bioconductor

Recenzie čitateľov

Kniha je komplexným sprievodcom analýzou mikročipov, programovaním v R a štatistickými technikami použiteľnými v genomike. Je dobre napísaná, má jasné vysvetlenia a pútavý štýl výučby, vďaka čomu sú zložité témy prístupné čitateľom z rôznych oblastí. Hoci slúži ako vynikajúci zdroj informácií pre začiatočníkov aj skúsených odborníkov, niektoré recenzie poukazujú na nedostatočnú hĺbku v niektorých oblastiach, najmä pokiaľ ide o Bioconductor a analýzu RNA-seq.

Kniha je dôkladná, obsahovo bohatá a veľmi čitateľná. Slúži ako skvelá príručka pre začiatočníkov aj skúsených čitateľov a pokrýva základné témy z oblasti biológie, štatistiky a programovania v jazyku R. Autor je známy svojimi pedagogickými schopnosťami a používaním humoru, ako aj tým, že obsahuje farebné ilustrácie, ktoré pomáhajú pri pochopení zložitých pojmov. Mnohí čitatelia oceňujú autorove podrobné vysvetlenia a praktické postrehy, vďaka čomu je kniha neoceniteľným zdrojom informácií o bioinformatike.

Niektorí čitatelia považovali knihu občas za náročnú na sledovanie, najmä kvôli dlhým kapitolám o základoch štatistiky a programovania v jazyku R. Objavili sa kritické pripomienky k nedostatočným informáciám o programe Bioconductor a analýze údajov z mikročipov, čo viedlo niektorých k pocitu, že je potrebné mať základné znalosti. Okrem toho sa v niekoľkých recenziách spomínala nadbytočnosť vysvetlení základnej štatistiky a vnímaná nedostatočná hĺbka analýzy RNA-seq.

(na základe 18 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor

Obsah knihy:

Bohato farebne ilustrovaná publikácia Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor, Second Edition poskytuje jasný a presný opis výkonných analytických techník a algoritmov na získavanie a interpretáciu biologických informácií. Text vynecháva nudné detaily, ťažké formalizmy a záhadné zápisy a využíva praktický prístup založený na príkladoch, ktorý študentov naučí základy jazyka R a technológie microarray, ako aj to, ako si vybrať a použiť správny nástroj na analýzu údajov na konkrétne problémy.

Novinka v druhom vydaní.

Toto aktuálne druhé vydanie, ktoré je kompletne aktualizované a dvojnásobne rozsiahlejšie ako jeho predchodca, nahrádza komerčný softvér prostredím s otvoreným zdrojovým kódom R a Bioconductor. Štrnásť nových kapitol sa zaoberá témami, ako sú základné mechanizmy bunky, otázky spoľahlivosti a reprodukovateľnosti v mikročipoch DNA, základná štatistika a lineárne modely v R, návrh experimentu, viacnásobné porovnávania, kontrola kvality, predbežné spracovanie a normalizácia údajov, analýza génovej ontológie, analýza ciest a techniky strojového učenia. Metódy sú ilustrované hračkami a skutočnými údajmi a kód R pre všetky postupy je k dispozícii na priloženom CD-ROM.

Táto najpredávanejšia kniha obsahuje všetky potrebné predpoklady a vedie študentov od základných pojmov až po pokročilé techniky analýzy v programoch R a Bioconductor. Prvá polovica textu predstavuje prehľad mikročipov a štatistických prvkov, ktoré tvoria základné stavebné kamene každej analýzy údajov. Druhá polovica predstavuje techniky, ktoré sa najčastejšie používajú pri analýze údajov z mikročipov.