Siete interakcií medzi proteínmi a proteínmi: Metódy a protokoly

Pôvodný názov:

Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols

Obsah knihy:

Tento zväzok skúma techniky, ktoré skúmajú interakcie medzi proteínmi u rôznych druhov, a kombinuje ich s kontextovo špecifickými údajmi, analýzou súborov omických údajov a zostavuje jednotlivé interakcie do sémantických jednotiek vyššieho rádu, t. j. proteínových komplexov a funkčných modulov. Kapitoly v tejto knihe sa zaoberajú výpočtovými metódami, ktoré riešia rôznorodé úlohy, ako je napríklad predikcia funkčných interakcií proteín-proteín.

Porovnávanie interakčných sietí na základe zarovnania pomocou SANA.

Použitie webového servera RaptorX-ComplexContact na predpovedanie medzibielkovinových kontaktov zvyšok-reziduum.

Dokovanie alternatívnych potvrdení proteínov zúčastňujúcich sa na binárnych interakciách a vizuálne riadený výber dokovacieho modelu pomocou COZOID.

Detekcia nových funkčných jednotiek pomocou KeyPathwayMiner a spôsob, akým môže PathClass využiť takéto de novo cesty na klasifikáciu podtypov rakoviny prsníka. Kapitoly sú napísané vo veľmi úspešnom formáte série Methods in Molecular Biology, obsahujú úvody k príslušným témam, zoznamy potrebného hardvéru a softvéru, krok za krokom ľahko reprodukovateľné výpočtové protokoly a tipy na riešenie problémov a vyhýbanie sa známym nástrahám.

Špičkové a komplexné siete interakcií medzi proteínmi a proteínmi: Metódy a protokoly je cenným zdrojom informácií pre začínajúcich aj skúsených výskumníkov, ktorí majú záujem dozvedieť sa viac o tejto rozvíjajúcej sa oblasti.