Pochopenie molekulárnej simulácie - od algoritmov k aplikáciám (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Recenzie čitateľov

Kniha je dobre hodnotená pre svoje jasné vysvetlenie metód molekulárnej simulácie, vďaka čomu je obľúbenou voľbou pre študentov aj výskumníkov. Je obzvlášť užitočná pre začiatočníkov a zahŕňa techniky Monte Carlo (MC) aj molekulovej dynamiky (MD). Niektorí čitatelia však považujú za problém kvalitu elektronickej verzie knihy, spoliehanie sa na zastarané programovacie postupy, ako je Fortran, a zameranie na algoritmy namiesto praktických príkladov kódovania.

Jasné vysvetlenie pojmov molekulovej simulácie, vhodné pre začiatočníkov, užitočné algoritmy, podrobné pokrytie metód MC a MD, odporúčané poradcami, kvalitná tlačená verzia.

Verzia elektronickej knihy trpí nízkou kvalitou s chýbajúcim textom a symbolmi, zameraním na zastaraný kód Fortran, niektorý obsah je zrejme skopírovaný z iných klasických textov, chýbajú pokročilé techniky MD, nemusí dobre slúžiť pokročilým používateľom.

(na základe 23 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Obsah knihy:

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications vysvetľuje fyziku, ktorá sa skrýva za "receptami" molekulárnej simulácie pre materiálovú vedu. Počítačoví simulátori sú neustále konfrontovaní s otázkami týkajúcimi sa výberu konkrétnej techniky pre danú aplikáciu. Existuje široká škála nástrojov, preto si výber techniky vyžaduje dobré pochopenie základných princípov. Ešte dôležitejšie je, že takéto pochopenie môže výrazne zlepšiť účinnosť simulačného programu. Implementácia simulačných metód je ilustrovaná na pseudokódoch a ich praktické použitie na prípadových štúdiách použitých v texte.

Od prvého vydania len pred piatimi rokmi sa svet simulácie výrazne zmenil - súčasné techniky dozreli a objavili sa nové. Toto nové vydanie sa zaoberá týmito novinkami; obsahuje najmä časti o:

- Vzorkovanie prechodových dráh a difúzne prekračovanie bariér na simuláciu udalostí.

- Disipatívna dynamika častíc ako technika simulácie priebehu.

- Nové schémy na výpočet diaľkových síl.

- Hamiltonovská a nehamiltonovská dynamika v kontexte simulácií molekulovej dynamiky pri konštantnej teplote a konštantnom tlaku.

- Algoritmy s viacerými časovými krokmi ako alternatíva pre obmedzenia.

- Defekty v pevných látkach.

- Pruned-enriched Rosenbluth sampling, recoil-growth a concerted rotations pre komplexné molekuly.

- Paralelné temperovanie pre sklovité hamiltoniány.

Súčasťou sú príklady, ktoré poukazujú na súčasné aplikácie, a kódy prípadových štúdií sú k dispozícii na World Wide Web. Od prvého vydania bolo pridaných niekoľko nových príkladov, ktoré ilustrujú najnovšie aplikácie. V tomto novom vydaní sú zahrnuté otázky. Nepredpokladajú sa žiadne predchádzajúce znalosti počítačovej simulácie.