Mastering Python for Bioinformatics (Ovládanie jazyka Python pre bioinformatiku): Ako písať flexibilný, zdokumentovaný a otestovaný kód Pythonu pre výskumné výpočty

Recenzie čitateľov

Kniha je komplexným zdrojom informácií pre výučbu bioinformatiky, ponúka praktické príklady, dôkladné vysvetlenie pojmov a zameriava sa na zručnosti pri vývoji softvéru potrebné pre bioinformatikov. Niektoré kódy uvedené v knihe však môžu byť nefunkčné, čo môže bez ďalšej pomoci brániť pokroku.

⬤ Skvelé na učenie bioinformatiky s praktickými príkladmi z reálnych úloh.
⬤ Podrobné vysvetlenie zdôvodnenia riešení.
⬤ Cenné diskusie o zostavovaní programov a efektívnom využívaní údajov.
⬤ Zahŕňa obsah o testovaní a dokumentácii pri programovaní.
⬤ Vhodné pre jednotlivcov s určitými skúsenosťami s programovaním.

⬤ Niektoré príklady kódu sú nefunkčné a ich oprava si môže vyžadovať pomoc zvonka.
⬤ Nemusí byť vhodné pre úplných začiatočníkov v oblasti biológie alebo programovania bez predchádzajúcich znalostí.

(na základe 3 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Obsah knihy:

Vedci v oblasti biológie dnes naliehavo potrebujú odbornú prípravu v oblasti bioinformatiky. Príliš veľa bioinformatických programov je zle napísaných a sotva udržiavaných, zvyčajne študentmi a výskumníkmi, ktorí sa nikdy nenaučili základné programátorské zručnosti. Táto praktická príručka ukazuje postdoktorandom a študentom bioinformatiky, ako využiť najlepšie časti jazyka Python na riešenie problémov v biológii a zároveň vytvárať zdokumentovaný, otestovaný a reprodukovateľný softvér.

Ken Youens-Clark, autor knihy Tiny Python Projects (Manning), ukazuje nielen ako písať efektívny kód v jazyku Python, ale aj ako používať testy na písanie a refaktorovanie vedeckých programov. Naučíte sa najnovšie funkcie a nástroje jazyka Python vrátane linterov, formátovačov, kontrolórov typov a testov na vytváranie zdokumentovaných a otestovaných programov. Budete tiež riešiť 14 úloh v programe Rosalind, ktorý je platformou na riešenie problémov pri učení sa bioinformatiky a programovania.

⬤ Vytvárajte programy v jazyku Python s príkazovým riadkom na dokumentovanie a overovanie parametrov.

⬤ Napíšete testy na overenie refaktorovania programov a potvrdíte ich správnosť.

⬤ Pracovať na bioinformatických nápadoch pomocou dátových štruktúr a modulov jazyka Python, ako je napríklad Biopython.

⬤ Vytvárať reprodukovateľné skratky a pracovné postupy pomocou súborov make.

⬤ Parsovať základné formáty bioinformatických súborov, ako sú FASTA a FASTQ.

⬤ Nájsť vzory textu pomocou regulárnych výrazov.

⬤ Používať funkcie vyššieho rádu v jazyku Python, ako sú filter(), map() a reduce().