Metabolická rozmanitosť baktérií z nich robí užitočný zdroj na sanáciu znečistenia životného prostredia.
Baktérie sa používajú na čistenie ropných škvŕn, PCB a ťažkých kovov, ako sú arzén, ortuť, kadmium a olovo. Existuje dostatok príkladov, ktoré naznačujú, že existuje len málo látok, ak vôbec nejaké, ktoré by mikróby nemohli aspoň čiastočne využiť na metabolický výkon.
Biodegradácia je atraktívnou alternatívou k súčasným postupom zneškodňovania odpadu, pretože je vo všeobecnosti lacnejším procesom, potenciálne oveľa účinnejším a neprodukuje sekundárne znečisťujúce látky, ako sú tie, ktoré sa spájajú so spaľovaním a skládkovaním. V niektorých prípadoch môže byť dokonca možné získať užitočné konečné produkty s ekonomickým prínosom z bakteriálneho metabolizmu znečisťujúcich látok, napríklad etanol na použitie v biopalivách.