Genomika v oblakoch: Používanie Dockera, Gatku a Wdl v systéme Terra

Recenzie čitateľov

Kniha poskytuje komplexný a prístupný úvod do počítačovej genomiky s praktickými cvičeniami a prístupom krok za krokom. Hoci je dobre prijímaná pre svoj obsah a štýl výučby, objavujú sa sťažnosti na kvalitu grafiky a zameranie na ľudskú genomiku, pričom niektorí čitatelia dúfajú v aktualizácie vzhľadom na rýchlo sa meniace technológie.

⬤ Stručný úvod do výpočtovej techniky a genomiky
⬤ návody krok za krokom na praktické cvičenia
⬤ vtipný a pútavý štýl písania
⬤ komplexný odkaz na osvedčené postupy
⬤ užitočné pre používateľov GATK
⬤ prístupné pre začiatočníkov aj skúsených výskumníkov
⬤ dobre štruktúrované pre skupinové učenie.

⬤ Slabá kvalita obrázkov a grafiky
⬤ niektorý obsah môže zastarať s vydaním nových technológií
⬤ obmedzené zameranie na genomiku, ktorá nie je zameraná na človeka
⬤ problémy s kvalitou tlače vo fyzických kópiách.

(na základe 8 čitateľských recenzií)

Pôvodný názov:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Obsah knihy:

Údaje v oblasti genomiky sú na vzostupe. Už o niekoľko rokov budú organizácie, ako napríklad Národný inštitút zdravia (NIH), hostiť viac ako 50 petabajtov - alebo viac ako 50 miliónov gigabajtov - genomických údajov a na sprístupnenie týchto údajov výskumnej komunite sa obracajú na cloudovú infraštruktúru.

Ako prispôsobiť analytické nástroje a protokoly na prístup k takémuto objemu údajov a ich analýzu v cloude? Vďaka tejto praktickej knihe sa výskumníci naučia pracovať s genomickými algoritmami pomocou nástrojov s otvoreným zdrojovým kódom vrátane Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL a Terra. Geraldine Van der Auwera, dlhoročná správkyňa komunity používateľov GATK, a Brian O'Connor z Genomického inštitútu UC Santa Cruz vás prevedú celým procesom.

Učiť sa budete prácou so skutočnými údajmi a genomickými algoritmami z praxe. Táto kniha zahŕňa: Základné poznatky o genomike a výpočtovej technológii Základné operácie cloud computingu Začíname s GATK a tri hlavné pipelines GATK Best Practices Automatizácia analýzy pomocou skriptovaných pracovných postupov s využitím WDL a Cromwell Škálovanie vykonávania pracovných postupov v cloude vrátane paralelizácie a optimalizácie nákladov Interaktívna analýza v cloude s využitím notebookov Jupyter Bezpečná spolupráca a reprodukovateľnosť výpočtov s využitím Terra