Funkčná analýza dlhých nekódujúcich RNA: Metódy a protokoly

Pôvodný názov:

Functional Analysis of Long Non-Coding Rnas: Methods and Protocols

Obsah knihy:

1. Bioinformatické prístupy k funkčnej predikcii dlhých nekódujúcich RNA

Fayaz Seifuddin a Mehdi Pirooznia.

2. Vizualizácia modelov štruktúry lncRNA a mRNA v rámci Integrative Genomics Viewer

Steven Busan a Kevin M. Weeks.

3. Predikcia kódujúceho potenciálu RNA pomocou modelu logistickej regresie bez priradenia.

Ying Li a Liguo Wang.

4. Klasifikácia dlhých nekódujúcich RNA podľa obsahu K-merov

Jessime M. Kirk, Daniel Sprague a J. Mauro Calabrese.

5. Genómová celoplošná počítačová analýza a overenie potenciálnych dlhých nekódujúcich RNA sprostredkovaných DNA-DNA: RNA v ľudskom genóme.

Saakshi Jalali, Amrita Singh, Vinod Scaria a Souvik Maiti.

6. Použitie INFERNO na odvodenie molekulárnych mechanizmov, ktoré sú základom nekódujúcich genetických asociácií

Alexandre Amlie-Wolf, Pavel P. Kuksa, Chien-Yueh Lee, Elisabeth Mlynarski, Yuk Yee Leung a Li-San Wang.

7. Bioinformatická linka na integráciu súborov údajov GWAS a eQTL na identifikáciu ľudských dlhých nekódujúcich RNA relevantných pre ochorenia

Yi Chen, Ping Li a Haiming Cao.

8. AnnoLnc: A One-Stop Portal to Systematically Annotate Novel Human Long Non-Coding RNAs.

De-Chang Yang, Lan Ke, Yang Ding a Ge Gao.

9. Anotácia dlhých nekódujúcich RNA v plnej dĺžke pomocou sekvenovania s dlhým čítaním (CLS)

Silvia Carbonell Sala, Barbara Uszczyń.

Ska-Ratajczak, Julien Lagarde, Rory Johnson a Roderic Guigo.

10. Jednobunková analýza dlhých nekódujúcich RNA (lncRNA) v mozgových bunkách myší

Boyang Zhang, Wentao Xu a James Eberwine.

11. Detekcia a charakterizácia dlhých nekódujúcich RNA asociovaných s ribozómom.

Chao Zeng a Michiaki Hamada.

12. Analýza anotovaných a neanotovaných dlhých nekódujúcich RNA z podtypov exozómov pomocou sekvenovania RNA novej generácie

Wittaya Suwakulsiri, Maoshan Chen, David W. Greening, Rong Xu a Richard J. Simpson.

13. DMS-MaPseq na skúmanie štruktúry RNA v celom genóme alebo cielene in vitro a in vivo

Phillip Tomezsko, Harish Swaminathan a Silvi Rouskin.

14. Značenie a purifikácia časovo exprimovaných RNA počas S-fázy bunkového cyklu v živých bunkách

Matthieu Meryet-Figuiere, Mohamad Moustafa Ali, Santhilal Subhash a Chandrasekhar Kanduri.

15. Rýchly protokol imuno-FISH na detekciu RNA, proteínov a modifikácií chromatínu

Akiyo Ogawa a Yuya Ogawa.

16. M(R)apping RNA-Protein Interactions

Jasmine Barra, Roberto Vendramin a Eleonora Leucci.