Hlavným cieľom ošetrenia koreňových kanálikov je vyčistiť a vytvarovať systém koreňových kanálikov a trojrozmerne ho utesniť, aby sa zabránilo opätovnej infekcii zuba. Neúspech liečby sa pripisuje pretrvávajúcej intraradikulárnej infekcii, ktorá sa nachádza v predtým neinštrumentovaných kanálikoch, dentinálnych tubuloch alebo v komplexných nepravidelnostiach systému koreňových kanálikov.
Medzi extraradikulárne príčiny endodontického zlyhania patrí periapikálna aktinomykóza, reakcia na cudzie teleso spôsobená extrudovanými endodontickými materiálmi, akumulácia endogénnych kryštálov cholesterolu v apikálnom tkanive a nevyriešená cystická lézia. Predtým ošetrené zuby s pretrvávajúcimi periapikálnymi léziami sa môžu zachovať nechirurgickým ústupom alebo endodontickým zákrokom za predpokladu, že zub je obnoviteľný, periodicky okrúhly a pacient si želá zub ponechať.
Endodontické ochorenie po liečbe nevylučuje zachovanie postihnutého zuba. V skutočnosti sa dá veľká väčšina týchto zubov obnoviť do zdravého stavu a dlhodobej funkcie pomocou dnešných liečebných metód.