Cielená degradácia proteínov: Metódy a protokoly

Recenzie čitateľov

Momentálne nie sú žiadne recenzie čitateľov. Hodnotenie je založené na 2 hlasoch.

Pôvodný názov:

Targeted Protein Degradation: Methods and Protocols

Obsah knihy:

Časť I Metódy objavovania a charakterizácie ligandov pre ciele a/alebo ligázy.

1. Interakcie proteínových ligandov pomocou povrchovej plazmonovej rezonancie.

Nichole O'Connell.

2. High-Throughput Detection of Ligand-Protein Binding using a SplitLuc Cellular Thermal Shift Assay (Vysoko výkonná detekcia väzby ligandu na proteín pomocou testu tepelného posunu buniek SplitLuc).

Tino W. Sanchez, Ashley Owens, Natalia J. Martinez, Eric Wallgren, Anton Simeonov a Mark J. Henderson.

3. Proteíny a ich interagujúci partneri: An Introduction to Protein-Ligand Binding Site Prediction Methods with Focus on FunFOLD3 (Úvod do metód predikcie väzbových miest proteínov a ligandov so zameraním na FunFOLD3).

Danielle Allison Brackenridge a Liam James McGuffin.

4. Hodnotenie ligandov pre ubikvitín ligázy pomocou afinitných guličiek.

Jennifer Dobrodziej, Hanqing Dong, Kurt Zimmermann a Christopher M. Hickey.

Časť II Prístupy k štúdiu ligáz: Degrader: Cieľové ternárne komplexy.

5. Mechanistické a štrukturálne vlastnosti ternárnych komplexov PROTAC.

Ryan Casement, Adam Bond, Conner Craigon a Alessio Ciulli.

6. Technológia MST a TRIC na spoľahlivé štúdium binárnej a ternárnej väzby PROTAC pri vývoji liečiv.

Tanja Bortoschik, Andreas Zoephel, Klaus Rumpel, Alessio Ciulli a Charles Heffern.

7. In vitro Pull-down test E3 ligázy: PROTAC: Substrátový ternárny komplex na identifikáciu účinných PROTAC.

Daniel P. Bondeson, Blake E. Smith a Alexandru D. Buhimschi.

8. Kinetická detekcia E3: PROTAC: Cieľové ternárne komplexy pomocou technológie NanoBRET v živých bunkách.

Sarah D. Mahan, Kristin M. Riching, Marjeta Urh a Danette L. Daniels.

Časť III Prístupy a nástroje na pochopenie ubikvitácie a proteazomálnej degradácie.

9. Indukcia ubikvitilizácie a degradácie proteínov ako stratégia vývoja liekov.

Kamaldeep S. Dhami a XiaoDong Huang.

10. Metodologická všestrannosť tandemových ubikvitín viažucich entít (TUBE) na pochopenie polyubikvitinácie a jej rôznych reťazcov.

Katie J. Sheets, Patrick H. Gross, Myra J. Zerr a Dahmane Ouazia a Karteek Kadimisetty.

11. Globálna analýza ubikvitinácie proteínov založená na hmotnostnej spektrometrii s využitím obohatenia o zvyškové protilátky K-e-GG.

Alissa J. Nelson, Yiying Zhu, Jian Min Ren a Matthew P. Stokes.

12. Určenie schopnosti proteazomálneho rozkladania.

Christina M. Hurley a Daniel A. Kraut.

Časť IV Metódy hodnotenia funkcie proteínových degradérov.

13. Metódy kvantitatívneho hodnotenia degradácie proteínov.

Radoslaw P. Nowak, Hong Yue, Emily Y. Park a Eric S. Fischer.

14. Vysoko výkonná metóda na stanovenie priorít vnútrobunkovej cieľovej angažovanosti PROTAC a bunkovej priepustnosti pomocou NanoBRET.

James D. Vasta, Cesear R. Corona a Matthew B. Robers.

15. Profilovanie CELMoD sprostredkovanej degradácie neosubstrátov Cereblonu.

Autori: Joel W. Thompson, Thomas Clayton, Gody Khambatta, Leslie A. Bateman, Christopher W. Carroll, Philip P. Chamberlain a Mary E. Matyskiela.

16. Globálne profilovanie proteómu na posúdenie zmien v množstve proteínov pomocou.