Bioinformatická štúdia prvkov potenciálne zapojených do reakcie na svetlo u Metarhizium

Recenzie čitateľov

Momentálne nie sú žiadne recenzie čitateľov. Hodnotenie je založené na 2 hlasoch.

Pôvodný názov:

Bioinformatics study of elements potentially involved in response to light in Metarhizium

Obsah knihy:

Svetlo je jedným zo stálych abiotických faktorov na našej planéte a prakticky všetky živé organizmy reagujú na svetelné podnety určitým spôsobom. Dôležitým aspektom po príjme svetla je modulácia génov; tento mechanizmus zahŕňa stimuláciu alebo inhibíciu expresie určitých génov, ktoré majú pravdepodobne za cieľ adaptáciu na rôzne podmienky prostredia. U húb má svetelná odpoveď veľmi dôležitý vplyv na gény zapojené do cirkadiánnej regulácie; v tomto procese produkty génov frq a frh regulujú aktivitu komplexu bielych golierov (WCC) v závislosti od času.

Tento jav je široko študovaný u saprofytických organizmov, štúdium molekulárnych zložiek a mechanizmov zapojených do chronobiológie a fotobiológie u entomopatogénnych húb je však relatívne nové. U Metarhizium existujú správy o fenotypových efektoch spôsobených svetelným stimulom, vrátane rastu pri konštantnom svetle alebo fotoperióde; neexistuje však úplný opis mechanizmu, ktorý vedie k týmto fotozávislým fenotypovým charakteristikám.

Na základe širokej distribúcie génov odpovede na svetlo u vláknitých húb sme vykonali bioinformatickú analýzu subgenomického kontextu uvedených génov pomocou softvéru Mauve a RStudio. Zistili sme, že gény svetelnej odpovede sa zdajú byť v analyzovaných genómoch konštantné, čo dokazuje mikrosyntetickú konzerváciu medzi rodmi Metarhizium, s výnimkou génu wc2. Aby sme lepšie pochopili možnú transkripčnú reguláciu, analyzovali sme promótory génov svetelnej odpovede a hľadali domnelé cis-regulačné elementy, pričom sme našli konzervované motívy u všetkých analyzovaných druhov Metarhiuzmov; tento prístup nám umožnil identifikovať ďalšie možné gény pre odpoveď na svetlo a cirkadiánnu kontrolu v rámci genómu tohto rodu.

Nakoniec navrhujeme rôzne mechanizmy závislé od svetla, okrem ich predpokladaných molekulárnych zložiek aj gény zapojené do týchto charakteristických fenotypov.