Sora, Donald a Goofy pokračujú v pátraní po svojich priateľoch a kráľovi a privedú ich do Atlantiky a Krajiny-Nekrajiny, kde sa naučia nové zručnosti a dozvedia sa, ako...
Keď sa cesty Sory, ktorý hľadá svojich priateľov Rikua a Kairi, a dvorného čarodejníka Donalda a kapitána Goofyho, ktorí hľadajú kráľa Mickeyho, skrížia, ich osudové...
Sora, Donald a Goofy sa snažia zachrániť Kairi a princezné pred Maleficent, ktorá sa snaží odomknúť dvere do Kingdom Hearts, ale Riku a Ansem sa im postavia do cesty...